אוטיזם הוא הפרעה התפתחותית המתאפיינת בדרך כלל בקשיים באינטראקציה חברתית ופיתוח שפה מעוכב 
או לא רגיל. תרופות אינן מטפלות בבעיות הנוירולוגיות הבסיסיות הקשורות לאוטיזם. הן ניתנות על מנת לנהל את הביטויים ההתנהגותיים של ההפרעה, כגון היפראקטיביות, אימפולסיביות, קשיי קשב וחרדה.
לרוב, ילדים הלוקים באוטיזם, אינם מעוניינים ביצירת קשר. לעיתים אין להם את הכלים כדי לתקשר. יש ביניהם שאינם מדברים כלל, ויש ילדים אוטיסטים שחוזרים באוטומט על מילה מסוימת ללא הרף, או צועקים אותה. מעבר לביצועים המרשימים של דסטין הופמן בסרט 'איש הגשם', רוב האנשים אינם מכירים באמת את טיבה של הפרעת האוטיזם, היקפה ושיטות הטיפול המומלצות.
מלבד בעיית התקשורת אצל אוטיסטים, הם מאובחנים גם בתופעות אורטופדיות, כגון שרירים קצרים או תפוסים, חוסר שליטה על שרירי הלסת והלוע, ועוד. אבחון מוקדם של האוטיזם, לצד הטיפול הנכון, יכול לעזור לילדים לפתח את מלוא הפוטנציאל שלהם. המטרה העיקרית של טיפול בהידרותרפיה היא לשפר את היכולת הכוללת של הילד לתפקד.
גירוי תקשורתי
טיפול בהידרותרפיה לילדים הלוקים באוטיזם מהווה שבירת שגרה, לצד שבירת שגרת הטיפולים האחרים שלהם. הבריכה מהווה אטרקציה המגישה גירויים חדשים ומזמינה הפעלת חוש מישוש, ראיה ושמיעה.
הידרותרפיה כטיפול לאוטיזם, מהווה אלטרנטיבה ייחודית ומוצלחת מאוד. מטרת פעילויות המים המאפיינות את הטיפול היא לספק לילדים אוטיסטים חוש מישוש מחודד יותר. לילדים אלו יש קשיים חושיים משמעותיים, והם נוטים בקלות להסחת דעת. הם מגיבים לגירויים בסביבתם ויש להם רגשות חזקים כלפי מרקמים מסוימים.
טיפול קבוע בהידרותרפיה מומלץ על מנת לשפר את יכולת הילד הלוקה באוטיזם לתפקד בתוך המים ובחיי היום יום שלו. ילד שאינו מתקשר ישתמש בלוח תקשורת עמיד במים ומנוילן. על הלוח יוצבו תמונות שונות של חפצים אותם ניתן למצוא בבריכה, תמונות של פעילות מים, מצבי רוח, לצד המילים רוצה או לא רוצה.
המים החמים מספקים לילדים סביבה בטוחה ותומכת, אשר תומכת בהם ומספקת להם לחץ הידרוסטאטי שמקיף את גופם במים. לחץ זה בעצם משכך ומרגיע אותם, ומספק להם את הקלט החושי ההכרחי אליו הם משתוקקים.
שיפור התנועה
פעילויות ספורט מים הן חוויה מהנה בעלת היבטים פיסיים, חברתיים, קוגניטיביים כמו גם תעסוקת פנאי. על פי המחקרים, הטיפול בהידרותרפיה לאוטיזם התגלה כאידיאלי לפעילות גופנית או לשיקום הגוף של המטופל, כמו גם לשחרור השרירים.
טיפול בהידרותרפיה מתמקד בתנועה פונקציונאלית המבוססת על משחק טיפולי. היא משפרת אצל ילדים עם אוטיזם את טווח התנועה, עוזרת להקל על צמיחת התפתחות נוירולוגית, מודעות משופרת לגוף, איחוד חושי, כישורי ניידות, והחשוב מכל – הנאה ושמחה.
מטפלים של הידרותרפיה באוטיזם מגדירים את השימוש במים והפעילויות הנלוות אליו כחיוניים ביותר עבור אנשים בעלי מוגבלויות חמורות או כרוניות. מטופלים עם תסמונת אוטיזם מהווים הזדמנות מעניינת למטפלים בהידרותרפיה להשתמש בטכניקת הטיפול כחלק מתכנית הטיפול הכוללת שלהם.
בשל קשיי התקשורת שלהם, ילדים עם אוטיזם מגיבים טוב יותר לרמזים ויזואליים ספציפיים. הטיפול בהידרותרפיה מהווה עבורם בילוי מימי שמשפר מאוד את יכולתם להגיב טוב לשאר הטכניקות הנהוגות לטיפול באוטיזם.
תפקידם של המטפלים
על המטפלים בהידרותרפיה יש להקפיד על כללי זהירות כשהם מטפלים בילדים אוטיסטיים. הנטייה הטבעית של ילדים אלו, שלא להגיב לפקודות מילוליות, בשילוב של המיקום בטבע, יכולים להציב אתגרים גדולים גם עבור המטפלים הקפדנים ביותר. גורם נוסף אותו יש לשקול בעת מתן טיפול בהידרותרפיה, הוא השיעור הגבוה של התקפים הנפוץ אצל ילדים עם אוטיזם.
שיקולים רבים מנחים את הבחירה בטיפול בהידרותרפיה כאפשרות לעבודה עם ילדים אוטיזם. על המטפל להעריך את טמפרטורת המים ואת היסחי הדעת הקיימים בסביבה המימית. מכיוון שילדים אלו רגישים מאוד לקלט חושי, טמפרטורת המים צריכה להיות חמימה ונוחה, או שהילד לא יגיב היטב לטיפול.